Το Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Κρήτης αποτελεί από το 2009 έναν σύγχρονο μουσειακό χώρο υψηλών προδιαγραφών, περίπου 1000 τ.μ., ο οποίος, μετά από τις εργασίες επέκτασης και πλήρους αναστήλωσής του, συμπλήρωσε την παλιά Δημοτική Πινακοθήκη «Λ. Κανακάκις» (1992) και το Κέντρο Σύγχρονης Εικαστικής Δημιουργίας (1995).
Διαθέτει μία μόνιμη συλλογή περίπου 500 έργων. Ο πυρήνας της συλλογής αποτελείται από 50 αντιπροσωπευτικά έργα του Ρεθύμνιου καλλιτέχνη Λευτέρη Κανακάκι και έργα άλλων σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών, προσφορά της Μαρίας Μαραγκού, διευθύντριας του Μουσείου και του συζύγου της.
Το Μ.Σ.Τ. Κρήτης, στον κεντρικό του χώρο (Χειμάρας 5, Ρέθυμνο), παρουσιάζει μέρος από τα έργα της Μόνιμης Συλλογής, ενώ σε κάποιες από τις αίθουσες του κτιρίου ή σε εναλλακτικούς χώρους που χρησιμοποιεί, φιλοξενεί περιοδικές εκθέσεις πανελλήνιου και διεθνούς περιεχομένου. Παράλληλα πραγματοποιεί προγράμματα και συνεργασίες με φορείς αντίστοιχους στην Ελλάδα και στο εξωτερικό. Από το 1992 ως σήμερα έχουν οργανωθεί 104 εκθέσεις, μονογραφικές και θεματικές, και έχουν εκδοθεί 55 κατάλογοι. Παράλληλα κατά τη διάρκεια των εκθέσεων λειτουργούν ξεναγήσεις για παιδιά και ενήλικες.
Από το 1996 δημιουργήθηκαν τα Εικαστικά Εργαστήρια (Χειμάρας 8) που απευθύνονται σε παιδιά και ενήλικες, τα οποία λειτουργούν στο πλαίσιο του Εκπαιδευτικού Τομέα του Μ.Σ.Τ.